VPN rozdělujeme podle toho, na jaké vrstvě protokolového zásobníku TCP/IP probíhá přenos.
VPN na spojové vrstvě tu nejsou blíže probírány, protože se jedná o řešení používané v případě lokálních si metropolitních sítí, kdy zřizovatel těchto sítí má přístup i k technickému zázemí, zatímco tento dokument se zabývá spíše řešením propojení nezávislých sítí, majících připojení k Internetu.
Do VPN na síťové vrstvě patří v protokoly GRE, IPsec, CIPE, PPTP, L2TP. Do poslední kategorie patří např. OpenVPN postavená na protokolu SSL.