Můžeme udat dva hlavní důvody. Předně Darwin trpělivě a systematicky prošel všechny druhy důkazů vztahujících se k tomuto tématu. Jako mladý muž strávil pět plodných let (1831-36) ve funkci přírodopisce na lodi Beagle Jeho Veličenstva. Během této dlouhé cesty kolem světa se z Darwina stal vynikající vědec, neustále pozorující, sbírající a přemýšlející o mnoha geologických a biologických jevech, s nimiž se setkával. Už v roce 1837 začal pochybovat, že druhy jsou stálé a neměnné, a ačkoliv byl až do roku 1859 zaneprázdněn mnoha vědeckými činnostmi, otázka původu druhů, kterou vědci jeho doby nazývali záhadou všech záhad, ho neustále zajímala. Darwin mnoho četl, přemýšlel a dělal řadu pečlivých pokusů. Výsledkem této práce je jeho kniha Původu druhů.

Druhým důvodem jeho uznávání je fakt, že byl schopen předložit vysvětlení, jak se druhy mohou měnit. Tím je přírodní výběr. Darwin na myšlenku přírodního výběru poprvé narazil v roce 1838 po přečtení knihy Pojednání o zákonitostech populace od kněze Thomase Malthuse. Malthus se v ní zabýval především lidskými populacemi, ale zdůrazňoval obecný princip přírody, že živé organismy plodí více potomků, o nichž se může předpokládat, že přežijí do dospělosti, kdy jsou schopni dalšího rozmnožování. Navzdory této často mohutné rozmnožovací schopnosti mají dospělé populace sklon zůstávat od generace ke generaci početně stabilní. Malthusovo dílo pomohlo Darwinovi pochopit důležitý bod: mezi potomky může existovat výběr, kdo přežije a kdo zahyne. Jednotliví členové jednoho druhu se mezi sebou lehce liší. Proto jedinci s určitými rysy, jež jim poskytují nějakou výhodu, například při získávání potravy nebo při útěku před dravcem, budou mít zvýšenou možnost přežití. Tak jako člověk může způsobit závažné změny u domácích zvířat umělým vybíráním vlastností, jež považuje za žádoucí, i příroda “vybírá” ty členy druhu, jež jsou nejschopnější odolávat tvrdému životu. Když se podmínky prostředí mění, přírodní výběr zajišťuje, že určité vlastnosti v náhodně proměnlivé populaci jsou zvýhodněné.

Příklad přírodního výběru:

Ačkoli mnoho Darwinových kolegů bylo přesvědčeno, že evoluce existuje, nedocenili účinnost přírodního výběru. Ve snaze odpovědět na jejich k ritiku hledal Darwin další mechanismy a jedním, který určil správně, byl sexuální výběr. Obrázek Johna Goulda představuje Jespáky bojovné při sexuálním výběru. Samci jespáka (v pozadí) bojují o dominantní postavení v “leku”, neboli svatební aréně. Výsledek této bitvy bude zčásti určen rozměrem péřového límce kolem krku (jak je vidět v popředí). Když samec takové postavení získá, bude límec vystavovat na odiv, aby upoutal samičky. Samec s nenápadným péřovým límcem pravděpodobně nenajde družku a zanechá málo potomků nebo vůbec žádné. U samce jespáka bojovného tedy existuje silný pozitivní výběr podle kvality péřového límce.


Darwin neznal mechanismus dědičnosti, ale věděl, že dochází k odchylkám vlastností a že aspoň některé jsou dědičné. Proto se omezil na pozorování, které bychom dnes popsali jako úroveň fenotypické dědičnosti. Mnohá pozorování dědičnosti, proměnlivosti a křížitelnosti, jež uskutečnil, lze přijmout i dnes, ačkoli v jiných bodech nyní vidíme, že Darwin zaměňoval genetické a fyziologické procesy.

Rozdíl mezi genotypem a fenotypem je základ pro pochopení genetických studií. Genotyp zahrnuje všechny informace v genech, i když některé z nich mohou být ve formě recesivních genů, jež nemají v dotyčném jedinci žádné pozorovatelné účinky. Fenotyp je kombinovaný výsledek genů, které se skutečně projevily, a všech vlivů prostředí od okamžiku, kdy bylo vajíčko oplodněno.